Nella terza saga si forma una selezione di giocatori, detta Inazuma Japan (イナズマジャパン Inazuma Japan?), costituita da:
(1/15) Mark Evans (Raimon Jr. High, Raimon Eleven) portiere/libero;
(2) Nathan Swift (Raimon Jr. High, Raimon Eleven) difensore-centrocampista;
(3) Jack Wallside (Raimon Jr. High, Raimon Eleven) difensore;
(4) Harley Kane (Mary Times Memorial High School, Mary Times Memorial) difensore;
(5) Tod Ironside (Raimon Jr. High, Raimon Eleven) difensore, si ritirerà poiché infortunato per il resto del torneo;
(6) Scott Bunian (Cloyster Divinity School, Cloyster) difensore;
(7) Archer Hawkins (?) difensore-centrocampista;
(8) Caleb Stonewall (Absolute Royal Academy, poi Royal Accademy; Absolute Royal/Royal) centrocampista;
(9) Shawn Frost (Alpine High School, Alpine) attaccante-difensore, si ritira dal torneo per un breve periodo di riposo a causa di un infortunio;
(10) Axel Blaze (Raimon Jr. High, Raimon Eleven) attaccante;
(11) Austin Hobbes (Raimon Elementary School) attaccante;
(12) Thor Stawdberg (?) difensore-centrocampista;
(13) Jordan Greenway (Alius Accademy, Gemini Storm) centrocampista, si ritirerà poiché infortunato per il resto del torneo;
(14) Jude Sharp (Raimon Jr. High, Raimon Eleven) centrocampista;
(16) David Samford (successivamente) (Royal Academy, Royal) centrocampista; non sarà scelto per partecipare al Girone Asiatico.
(17) Kevin Dragonfly (successivamente) (Raimon Jr. High, Raimon Eleven) attaccante; non sarà scelto per partecipare al Girone Asiatico.
(18) Xavier Foster (Alius Accademy, Genesis) centrocampista-attaccante;
(20) Darren Lachances (Fauxshore Jr. High, Fauxshore) portiere/centrocampista
Nota: ci sono anche Marvin Murdoch (Kirkwood, numero 19), Shadow Cimmerian (Raimon, numero 21), Maxwell Carson (Raimon, numero 22) e Isaac Glass (Raimon, numero 23), ma non vengono selezionati per partecipare al FFI.
Questa selezione parteciperà al Football Frontier International (フットボールフロンティアインターナショナル Futtobōru Furontia Intānashonaru?). Nel girone di qualificazione asiatico affrontano:
1º I Big Waves (ビッグウェイブス Biggu Weibusu?), la nazionale dell'Australia, capitanati da Nice Dolphin. Nonostante il potente Bunker Asfissiante e l'impenetrabile Barriera Oceanica del portiere Jean Baker, i nostri eroi vincono 2-1, con i gol di Harley (con Il Tifone) ed Axel (con l'Avvitamento di Fuoco). Curiosità: questa squadra, nella versione italiana, non mostra apparentemente un nome vero e proprio in quanto sono semplicemente chiamati gli Australiani.
2º I Leoni del Deserto, nome originale Desert Lion (デザートライオン Dezāto Raion?), la nazionale del Qatar, capitanata dal difensore Bilalh Kaile. Mark e compagni, nonostante abbiano chiuso il primo tempo sul 2-0, a causa del clima assolato sullo stadio incredibilmente perdono il vantaggio grazie a due realizzazioni dei Leoni del Deserto, che con il loro gioco duro e aggressivo mettono i nostri eroi in seria difficoltà. Sarà Austin a siglare il goal della vittoria. L'Inazuma Japan vince grazie alla Parabola Micidiale di Nathan, alla Meteora Dirompente di Xavier ed al Ruggito della Tigre di Austin, raggiungendo il risultato di 3-2.
3º La Neo Japan (ネオジャパン Neo Japan?), altra nazionale del Giappone, capitanata da Dave Quagmire (Dvalin) e allenata da Lyna Shiller. Oltre a Dave, fanno parte della squadra Joe King, Joan Tassman, Sail Bluesea, Jonas Demetrius, Henry House, Neil Turner, Tyler Murdoch, Daniel Hatch, Alan Master, Weese, Zen e altri giocatori. La partita contro il Neo Japan era stata organizzata per decidere quale delle due squadre dovesse continuare il torneo per rappresentare il Giappone, ma, nonostante la potente Muraglia Infinita della Neo Japan, sbriciolata dall'Ariete Inazuma livello 2, e la Trivella Spaziale livello 2 di Joe King distrutta dalla Tormenta di Fuoco, l'Inazuma Japan vince 2-1.
4º I Fire Dragon (ファイアードラゴン Faiā Doragon?), la nazionale della Corea del Sud, capitanata dal più famoso e potente centrocampista della Corea, Chan-su Choi. Oltre a lui, in questa squadra giocano vecchie conoscenze di Mark e compagni: Byron Love, Bryce Withingale (Gazel) e Claude Beacons (Torch). La partita è combattutissima, e si conclude sul 4-3 per l'Inazuma Japan, che conquista quindi l'accesso al FFI. Da notare che Mark evolve il suo Pugno di Giustizia nel Martello del Colosso, mentre Axel e Austin portano a termine la loro nuova tecnica micidiale: il Ruggito di Fuoco. Inoltre, la squadra scopre di poter contare sul grande talento di Caleb Stonewall.
Dopo aver superato il girone asiatico, la squadra si concentra sul FFI. Il torneo è diviso in due gruppi da cinque squadre ciascuna, che si affrontano come in un normale campionato. Le prime due classificate passano automaticamente alla semifinale, per poi alla finale. Il Gruppo A dove l'Inazuma Japan è stata inserita comprende:
1) L'Unicorno, nome originale Unicorn (ユニコーン Yunikōn?): nazionale degli Stati Uniti d'America, capitanata dal centrocampista Mark Krueger. Fanno parte di questa squadra l'eccentrico ed euforico attaccante Dylan Keith e i vecchi compagni di Mark, Bobby Shearer ed Erik Eagle. L'Inazuma Japan riesce a sconfiggere questa temuta formazione per 4-3.
2) I Cavalieri della Regina, nome originale Knights of Queen (ナイツオブクィーン Naitsu obu Kwīn?): nazionale dell'Inghilterra, capitanata dall'arrogante ma talentuoso attaccante Edgar Partinus (Edgar Valtinas), che l'Inazuma sconfiggerà per 3-2.
3) La Orfeo, nome originale Orpheus (オルフェウス Orufeusu?): nazionale dell'Italia, inizialmente capitanata da Paolo Bianchi (Fidio Ardena), un attaccante di eccezionale qualità che diventa ben presto amico di Mark. Successivamente, subentrerà come vero capitano Christopher "Chris" Nichols (Hidetoshi Nakata). Ray Dark, sotto le spoglie di Mr. K, diventerà il nuovo allenatore della squadra, con gran disappunto dei giocatori. La partita fra l'Inazuma Japan e questa squadra è molto accesa: tuttavia si concluderà sullo scialbo punteggio di 3-3.
4) L'Impero, nome originale The Empire (ジ・エンパイア Ji Enpaia?): nazionale dell'Argentina, capitanata da uno dei difensori più forti del mondo, Tiago Torres (Teres Toure). Sarà l'unica squadra che sconfiggerà l'Inazuma Japan per 2-1. L'unico goal viene segnato da Axel, Austin e Xavier con la Fiammata Tripla.
Il Gruppo B, invece, comprende:
1) La Red Matador (レッドマタドール Reddo Matadōru?): nazionale della Spagna, capitanata dal difensore Victor Garcia (Queraldo). Questa squadra va ricordata perché affronta l'Inazuma Japan in una partita dall'allenamento che si conclude sull'1-1.
2) Il Regno, nome originale The Kingdom (ザ・キングダム Za Kingudamu?): nazionale del Brasile, capitanata dal "re dei fantasisti" Mac Robingo (Mac Roniejo), che l'Inazuma Japan affronterà in semifinale, sconfiggendola per 3-2. Il presunto allenatore di questa squadra sembra essere Zoolan Rice (Garshield Bayhan), ma poi si rivelerà un impostore.
3) I Piccoli Giganti, nome originale Little Gigant (リトルギガント Ritoru Giganto?): nazionale del Cotarl, paese fittizio che richiama il Congo, capitanata da Héctor Helio (Rococo Urupa), un portiere di eccezionale qualità, e allenata dal nonno di Mark, David Evans. I giocatori di questa squadra sembrano delle versioni "africane" dei giocatori della Raimon originale. Verrà sconfitta in finale dall'Inazuma Japan per 3-2.
4) La Rose Griffon (ローズグリフォン Rōzu Gurifon?): nazionale della Francia, capitanata dal difensore Pierre Godin. La squadra fa solo tre apparizioni: nell'episodio 68 quando viene presentato Paolo Bianchi, nell'episodio 85 durante la cerimonia d'apertura del FFI e nell'episodio 112 quando viene sconfitta dal Regno per 3-0.
5) La Brocken Bogue (ブロッケンボーグ Burokken Bōgu?): nazionale della Germania, capitanata dal centrocampista Jonas Pollack. Si sa poco sulla loro squadra, tanto che i giocatori di questa squadra e il loro capitano fanno solo due comparse: nell'episodio 68 durante la presentazione di Edgar Partinus e nell'episodio 85, nella cerimonia d'apertura del FFI.
Dopo il girone asiatico, l'allenatore Percy Travis, a causa degli infortuni di Shawn e Jordan, richiama al loro posto David Samford e Kevin Dragonfly. L'Inazuma Japan parteciperà ad una festa organizzata da Edgar Partinus, il quale il giorno dopo giocherà proprio contro l'Inazuma Japan che vince per 3-2 grazie alla nuova tecnica di Mark: lo Scudo d'Energia, la quale sarà la principale tecnica di Mark fino alla finale dove imparerà la God Catch, tecnica formidabile che suo nonno, l'allenatore dei Piccoli Giganti, che sfideranno in finale, stava sperimentando. L'Inazuma Japan deve giocare la seconda partita del girone contro L'Impero. Prima di ciò, Mark, Jude, Caleb e David, insieme ai giocatori della Orfeo, sfideranno il Team D (nome originale Team K, チームK Chīmu Kei?), una squadra capitana da Giulio Acuto (un giocatore simile a Jude) e allenata da Ray Dark, che è divenuto il nuovo coach italiano. La partita finirà 2-1 con la scoperta di nuove tecniche il Pinguino Imperatore n°3 di Jude, Caleb e David e il Pinguino Imperatore X di Giulio. Intanto l'Inazuma Japan sta giocando contro L'Impero senza Mark, Jude, David, Caleb. La partita finirà 2-1 per L'Impero; in questa partita Darren (che era in campo al posto di Mark) imparerà la tecnica che voleva imparare prima della partita, chiamata Mano di Forza. Anche Axel, Xavier e Austin impareranno una mossa chiamata Fiammata Tripla.
Il giorno dopo rientra dall'infortunio Shawn Frost, e al suo posto Tod Ironside è costretto a lasciare la squadra. Qualche giorno dopo l'Inazuma Japan affronterà L'Unicorno. La partita si chiuderà con il risultato di 4-3 per l'Inazuma Japan scoprendo nuove tecniche: lo Unicorn Boost di Mark Krueger e Dylan ed il Gran Fenrir di Erik, Dylan e Mark, anche se Erik sarà affetto da una malattia e non riuscirà a giocare al massimo. Successivamente la squadra di Mark si scontrerà con la Orfeo dove pareggierà 3-3 in una partita dove Jude, Chris Nichols e Paolo scopriranno la verità sul proprio allenatore. Al termine della partita Dark verrà arrestato e subirà un incidente dopo il quale viene dichiarato morto. La sua morte non è confermata in quanto fa recapitare una lettera scritta successivamente al fatto. In segno di rispetto, Jude lo chiamerà ancora una volta "comandante" (come ai tempi della Royal Academy).
In veste di supporter dell'Inazuma Japan, Victoria e Suzette decidono di andare a fare shopping in un'antica cittadina. Là vengono avvicinate da due anziani che daranno loro Le Chiavi Della Leggenda, ovvero due bracciali uno celeste con due ali d'angelo incise e l'altro viola con due ali demoniache. Victoria, però, rifiuta e darà il suo a Celia.
Le due ragazze verranno poi rapite dai capitani delle due squadre del Paradiso e dell'Inferno; le squadre verranno affrontate ciascuna dall'Inazuma Japan più Tiago Torres (capitano dell'Impero), Mark e Dylan (L'Unicorno), Edgar Partinus (I Cavalieri della Regina) e Paolo Bianchi (Orfeo) che si uniranno per dare una mano. Gli Apostoli del Cielo (天空の使徒 Tenkū no Shito?) capitanati da Cress Heavens verranno sconfitti con il punteggio di 2-1, con le reti di Partinus e Bianchi. Grazie a loro la Inazuma Japan salva Victoria. Scopre anche che Celia verrà utilizzata dall'Armata Infernale Z (魔界軍団Z Makai Gundan Zetto?) capitanata da Kyle per darla in pasto ad un demone e amplificare così il suo potere, mentre Suzette avrebbe dovuto essere la sua sposa per diminure la sua sete di distruzione. L'altra metà dell'Inazuma Japan sconfiggerà 3-2 la squadra infernale, grazie all'aiuto di Dylan, Mark e Tiago Torres. Come accadde per l'Alius Academy, però, le squadre del Paradiso e dell'Inferno si uniranno e formeranno una nuova e potentissima squadra chiamata Dark Angel (ダークエンジェル Dāku Enjeru?) che metterà a dura prova gli undici giocatori scelti da loro, tra cui Paolo e Tiago, ma riescono a vincere per 2-1 grazie alla Fiammata Tripla di Xavier, Austin e Axel, al Vero Scudo d'Energia che sventa il gol del vantaggio per la Dark Angel e al susseguimento della Odin Sword di Paolo e alla Fiammata Tripla. Gli angeli tornano coscienti delle loro azioni, poiché erano stati soggiogati dall'incantesimo demoniaco, e tutti imparano una lezione sul calcio mentre il Re Demone si riaddormenta per altri 1000 anni. Superata questa difficoltà, l'Inazuma Japan si riconcentrerà sul torneo. In semifinale, l'avversaria dei nostri eroi è la temibilissima Il Regno, la nazionale brasiliana. Mac Robingo, all'inizio della partita, è fortemente preso dalla voglia di vincere, e assalta incessantemente la porta difesa da Mark. Questo a causa dell'influenza nefasta di Zoolan Rice, che si rivela non essere l'allenatore del Regno. Egli ha minacciato Roniejo e i suoi compagni, per questo l'attaccante brasiliano è determinato a vincere: per non mettere a repentaglio le vite dei suoi compagni. Successivamente, arrestato lo stesso Rice e sostituito dal vero allenatore del Regno, Mac torna in se e la partita prosegue con continui capovolgimenti di fronte. Il risultato finale è 3-2 per l'Inazuma Japan. La squadra di Mark arriva così in finale, e ad attenderli ci sono i Piccoli Giganti di Héctor, che nel frattempo ha letteralmente sconfitto l'Orfeo per 8-0. L'allenatore dei giocatori africani è (travestito) il nonno di Mark, David Evans. Ma Rice fugge di prigione e comincia a distruggere le case degli abitanti del Cotarl. Chiamati in causa, Mark e compagni sfidano una nuova e temibile squadra: il Team Garshield, allenato da Rice e capitanato da Henktacker. La partita non comincia subito bene per i nostri eroi: alla fine del primo tempo si ritrovano già sotto di due goal. Mark, nel tentativo di imparare una nuova tecnica micidiale, la God Catch, si distrae dal match, subendo quindi due goal. Ma la partita viene ribaltata, e l'Inazuma Japan vince per 3-2. Rice, adirato e sconfitto, viene questa volta ufficialmente arrestato. Dopo la partita, Mark riconosce suo nonno. Dopo giornate intense di allenamenti, arriva il giorno della finale che si svolgerà al Titanic Stadium. Si scopre che i Piccoli Giganti, durante le partite, abbiano indossato delle pesanti cinture e che questa volta giocheranno senza di esse (diventando molto più veloci). La partita è molto tesa ma i Piccoli Giganti grazie alla tattica del Circle Play Drive, Draco riesce a raggiungere la porta e a prendere la palla. Mark tenta di bloccare la Double Jaw di Draco con la God Catch(ancora incompleta) ma fallisce e il punteggio è di 1-0 per la squadra africana di David Evans. I Piccoli Giganti portano in seguito una serie di attacchi alla porta dell'Inazuma Japan con la Double Jaw e il Tiro Doppio. Nel caso della prima Kevin si fa male bloccandola, mentre la seconda viene fermata da Jack. Successivamente arriva il tiro di Draco e Mark riesce a finalizzare la God Catch. Poco dopo Xavier, su passaggio di Mark, impara una nuova tecnica micidiale: il Trampolino Celeste(Tenkū Otoshi), tecnica che finalmente batte l'apparentemente invincibile Mano di Luce X di Héctor e portando quindi l'Inazuma Japan e i Piccoli Giganti sull'1-1. Nel secondo tempo Héctor, intenzionato a fare sul serio, cambia ruolo diventando attaccante con il numero 18. La porta dei Piccoli Giganti viene difesa dal numero 12 Ken Saito, il secondo portiere della squadra. Ken riesce, a differenza di Héctor, a bloccare il tiro micidiale di Xavier con la Mano di Luce X, aiutato dal Terremoto di uno dei difensori della squadra.
I Piccoli Giganti passano al contrattacco e Héctor riesce a segnare grazie alla sua tecnica micidiale X Blast, battendo quindi la God Catch di Mark. Dopo Axel, Austin e Caleb cercano di segnare con una tecnica micidiale che ancora non avevano padroneggiato del tutto e infatti Ken Saito riesce facilmente a pararla. Grazie al passaggio di Jude, Axel, Austin e Xavier tentano di segnare con la Fiammata Tripla G2 ma anche questo tiro viene parato da Ken, che intanto ha evoluto la sua Mano di Luce X nella Nuova Mano di Luce X. Il tentativo seguente sarà fatto da Jude, Caleb e David Samford con il Pinguino Imperatore n°3, ma senza successo, dato che Ken Saito ha ulteriormente evoluto la sua tecnica nella Vera Mano di Luce X . Dopodiché Héctor tirerà ancora con la X Blast ma stavolta Mark evolverà la God Catch nella God Catch G2, bloccando il tiro. Poi, Jude, Shawn e Xavier faranno il gol del 2-2 con la loro nuova tecnica micidiale: il Big Bang. Ken Saito prova a parare il tiro con la Vera Mano di Luce X, però, nel tentativo di pararlo, si infortuna e così Héctor deve ritornare in porta. Dopo la parata di Mark del tiro Double Jaw, Jude, Shawn e Xavier tentano di segnare nuovamente, ma Héctor riesce a bloccare il Big Bang con la sua nuova tecnica micidiale: la Mano dello Spirito(Tamashii the Hand), tecnica che Héctor riesce a sviluppare grazie alla sua determinazione, ed è molto più potente della Mano di Luce X. Héctor riprova a segnare con la X Blast ma stavolta da portiere, usando l'X Blast V2 alimentata dal desiderio di giocare contro il suo rivale (Mark). Mark riesce a sventare il gol sbattendo sul palo, ma la tecnica di Héctor ha comunque infranto la God Catch G2. La partita continua con una schiacciante superiorità dei Piccoli Giganti che si conclude con molti colpi a rete, tutti deviati da Mark e dagli altri. Héctor, deciso più che mai a vincere, evolve la sua tecnica d'attacco nell'X Blast V3, e molti temono il peggio, ma Mark stupisce tutti usando la God Catch G3, riuscendo con superiorità a bloccare il tiro di Héctor. Mark si allontana dalla porta per l'ultima azione della partita scartandosi tutti i giocatori avversari grazie ai suoi compagni e poi la partita si conclude con il gol di Mark, Axel e Austin con una nuova tecnica: la Jet Stream, che sarebbe il completamento della tecnica provata da Axel, Austin e Caleb. Héctor tenta di pararlo con la Mano dello Spirito G2 (riuscito ad evolvere la sua tecnica micidiale invano) : in un primo momento sembra che Héctor riesca a parare il tiro, ma improvvisamente il tiro dell'Inazuma Japan aumenta la propria potenza, sbriciolando letteralmente la tecnica di Héctor ed entrando in porta. Sul 3-2 per l'Inazuma Japan, finisce la partita e tutti esultano. Dopo la partita Mark, Paolo e Héctor si incontrano all'aeroporto per i saluti finali. Tornati alla Raimon Junior High, Mark, Axel, Austin, Nelly, Silvia, Jude, Nathan e tutti gli altri si diplomano e così Mark entra per l'ultima volta nello spogliatoio della Inazuma Eleven e della Raimon, cedendo a Tod il ruolo di capitano, lasciandolo di stucco. Dopo questo comincia una partita tra la Raimon "originale" (quella che ha vinto il Football Frontier) e la "Nuova" Raimon, formata da tutti i giocatori trasferitisi alla Raimon Jr. High dalle altre squadre, più Victoria, Suzette, Shawn, Jude, Bobby La partita finisce 0-0, visto che entrambe le squadre hanno giocato alla pari. Durante la partita si vedono i ricordi di tutti i personaggi incontrati nella serie (tranne Mark e Shadow). A fine partita, Mark calcia il pallone verso il cielo, correndo con i suoi compagni.